RNA later と自作の代用品

reagents/r/rna_later
4-15-2017 updated

  1. 概要: RNAlater とは
  2. RNAlater を自作する
    • NAsafe
    • RNAlater-like solution
    • NAP buffer

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概要: RNAlater とは

RNAlater は、不安定な RNA を保存するための溶液である。Qiagen, Thermofisher などから販売されている。サンプリング後に組織をこの溶液に浸けておくと、

  • 2-8 °C では最高 4 週間
  • -20 °C および -80 °C では長期間

の保存が可能である。

RNAlater を自作する

RNAlater は高い。組成は企業秘密として公開されていないが、ネット上では様々な憶測が飛び交っており、どうも 主成分は濃い硫安 らしい。

英語の方が情報が多い。いくつか自作 RNAlater の組成を紹介する。

試薬 組成など 文献
NAsafe
  • 4 M 硫酸アンモニウム (NH4)2SO4
  • 10 mM EDTA
  • 0.1 M MES, pH 4.6

ウェブサイトによると RNAlater とほぼ同じ性能。Milli-Q 水で作製するが、オートクレーブせよとは書かれていない。

Google Scholar で検索しても 10 件前後しかヒットせず、あまり使われている試薬ではなさそうだ。5 M 硫安、MOPS など組成が違うものもある。

 2

RNAlater‐like buffer solution

Stanford のサーバーにある The Simple Fool's Guide というサイト。組成というより作り方。

  1. 935 mL of autoclaved, Milli-Q water
  2. 700 g 硫酸アンモニウムを溶解
  3. 20 mL の 1 M Sodium Citrate を加える
  4. 40 mL の 0.5 M EDTA を加える
  5. 硫酸で pH を 5.2 に合わせる (約 1 mL)
  6. 1.5 L にメスアップして室温保存

3,4
NAP buffer

Nucleic acid preservation buffer の略。上記の RNAlater-like と近い組成。

  • 0.019 M EDTA
  • 0.018 M Sodium citrate trisodium salt dihydrate
  • 3.8 M Ammonium Sulphase
  • Adjusted to pH 5.2 with H2SO4

Mol Ecol Res は生態学分野の著名な雑誌で、ここに効果を検討した論文が出ている。RNA の保存に関して、NAP buffer は RNAlater と同程度の性能をもつと結論している。

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References

  1. Qiagen RNAlater manual.
  2. Preparation of RNA and DNA preservation medium. Link.
  3. The Simple Fool's Guide, Palumbi Lab, Stanford University. Link.
  4. De Wit et al. 2012a. The simple fool's guide to population genomics via RNA-Seq: an introduction to high-throughput sequencing data analysis. Mol Ecol Res 12, 1058-1067.
  5. Camacho-Sanchez et al. 2013a. Preservation of RNA and DNA from mammal samples under field conditions. Mol Ecol Res 13, 663-667.

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