DNA 電気泳動のローディングダイ: 組成、目的など

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2018/05/29 更新

  1. 概要: DNA loading dye とは
  2. DNA loading dye の組成

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概要: DNA loading dye とは

Loading dye は、DNA の電気泳動 を行う際に DNA 溶液と混ぜる試薬である。青いものが多いが、緑やオレンジのものもある。Loading buffer という言い方もあるようだが、pH を緩衝する成分が入っているわけではないので、緩衝液 buffer と呼ぶのは抵抗がある。

DNA サンプルと loading dye を混ぜる目的は、以下の 3 つである (3)。

  1. DNA 溶液の比重を上げ、アプライしたときに沈むようにする。
  2. 色素で DNA 溶液を見えるようにし、アプライを容易にする。
  3. 色素も泳動されるので、泳動の進行具合もわかるようになる。

Loading dye には DNA を可視化する作用はないため、DNA を見るためにはエチジウムブロマイドなどの核酸染色試薬を使わなければならない。


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DNA loading dye の組成

青い loading dye

Molecular Cloning: A Laboratory Manual (Amazon link) には、6 x loading dye の組成として以下の 4 つが載っている。

タイプ 1
(4°C 保存)

タイプ 2
(室温保存)

  • 0.25% Bromophenol blue
  • 0.25% Xylene cyanol FF
  • 15% フィコール

タイプ 3
(4°C 保存)

タイプ 4
(4°C 保存)


オンラインの Cold Spring Harbor Protocols では、タイプ 3 の組成を採用している (2)。

アガロースゲルで電気泳動をするとき、ブロモフェノールブルー (BPB) はキシレンシアノール (XC) の 約 2.2 倍 の速度で泳動される (3)。これは 0.5 - 1.4% の範囲では、アガロースゲル濃度に影響されない。

1% ゲルを使った場合、BPB は約 500 bp の位置に、XC は約 4,000 bp の位置に現れる (1)。これらの長さの DNA をきれいに見たい場合には、BPB や XC を含まない色素を使う必要がある。バンドの強さを定量したい場合も同様である。

グリセロールは溶液の比重を上げるために用いている (1)。ちなみに文献 1 の LifeScienceProject は、「調製」とすべきところが多くのページで「調整」になっているので、個人的にあまり質の高いページとは考えていない。参考にする際には注意したい。


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References

  1. Gel loading buffer の組成. Link.
  2. Cold Spring Harbor Protocols. Link: Last access 2018/05/28.
  3. Green and Sambrook, 2012a. Molecular cloning: A laboratory manual, 4th edition. Cold Spring Harbor Laboratory Press.