データベースの名前として PubMed Taxonomy を使っていましたが、NCBI Taxonomy に変更しました。

1. 概要: 生物の分類
2. NCBI Taxonomy の使い方
   • 階級がポップアップする
   • グループのページもある
   • 他のデータベースとリンクしている
   
   
3. 属、科、綱などの分類群に含まれる種数を調べる方法

概要: 生物の分類は曖昧である

生物は、原則として以下の階級を使って分類される。詳細は 生物の分類 のページでまとめているが、例えばヒトならば

となる。

ここで問題となるのは、階級が資料によって異なっている ことである。同じ名前のグループが亜綱であったり上目であったりすることが頻繁にある。

この問題を解決するために、基準となる分類を持っておく ようにしたいものである。

• 教科書は本によって分類が異なる。とくに分類は刻々と変わっているので、古い本が出てくるとややこしくなる。
• Wikipedia も独自の分類をしているが、その性質から信頼性に欠ける。

本サイトでは、NCBI Taxonomy を使うことを推奨 したい。ページ下方に使い方を載せておく。

NCBI Taxonomy の使い方

PubMed は、アメリカの National Library of Medicine が管理する検索用のプラットフォームである。"PubMed" をキーワードにして検索すれば、容易に以下の PubMed のページ にたどり着けるはずである。

ウェブサイトが少し変わったので、NCBI Taxonomy で検索のこと。スクリーンショットの画面も少し変わったが、検索方法は同じなのでそのままにしておく。

Taxonomy 検索をしたい場合は、ドロップダウンメニューの Taxonomy に変更する。そして学名でも一般名でも良いので検索。下の例では、ヒト の学名 Homo sapiens を使っている。

現れるリンクを辿っていくと・・・

最終的に Homo sapiens のページに着く。図では小さいかもしれないが、ここに full lineage が載っている。

ヒトの場合は

cellular organisms; Eukaryota; Opisthokonta; Metazoa; Eumetazoa; Bilateria; Deuterostomia; Chordata; Craniata; Vertebrata; Gnathostomata; Teleostomi; Euteleostomi; Sarcopterygii; Dipnotetrapodomorpha; Tetrapoda; Amniota; Mammalia; Theria; Eutheria; Boreoeutheria; Euarchontoglires; Primates; Haplorrhini; Simiiformes; Catarrhini; Hominoidea; Hominidae; Homininae; Homo

である。

階級がポップアップする

この full lineage のそれぞれにカーソルを置くと、class, order などの階級がポップアップで出てくる。

ヒトの場合は、

• Eukaryota - superkingdom (ドメインでなく超界という階級)
• Metazoa - kingdom (多細胞動物が界になっている)
• Chordata - phylum (脊椎動物門)
• Mammalia - class (哺乳綱)
• Primates - order (霊長目)
• Homonidae - family (ヒト科)
• Homo - genus (ヒト属)

という分類である。その他の項目は、suborder であったり no rank であったりする。

グループのページもある

どこかの画面で Mammalia をクリックすると、以下のように哺乳綱 Mammalia のページに行くことができる。

ここでは Mammalia 以下の分類群を全て見ることができる。哺乳類のページ にあるように、哺乳類は大きく単孔類 (Monotremata, カモノハシなど)、有袋類 (marsupials, カンガルーなど) および胎盤動物 (placentals, その他) に分かれるが、このページから単孔類が目、その他は no rank と分類されていることがわかる。

他のデータベースとリンクしている

このデータベースのもう一つのメリットは、遺伝子配列情報などの他のデータベースと リンクしていることである。

下の図は Homo sapiens のページの一部。Nucleotide は遺伝子配列のデータであり、ヒトでは 1500 万以上の塩基配列が登録されていることがわかる。もちろん、ここから一覧のページに移動できる。

属、科、綱などの分類群に含まれる種数を調べる方法

論文を書いているときに、「哺乳綱 には現在 ** を超える種が知られている」などと、特定の分類群に含まれる種数を知りたい 状況になることがある。PubMed Taxonomy は、そのような場合にも便利である。

哺乳綱に含まれる種の数を調べてみよう。ページ上方に示したように Mammalia のページに行き、他のデータベースへのリンクの表を見てみる。

この表で Taxonomy の 10,663 をクリックすると、検索欄に txid40674[Subtree] とある別のページに飛ぶ。分類群には固有の Taxon ID がつけられており、哺乳綱の ID は 40674 である。

このページに表示されているのは、哺乳綱以下の subtree の一覧であり、種数ではないことに注意しよう。つまり、ネコ科とか霊長目などの分類群も含めた哺乳綱の下位分類群の数が 10,663 ということ。ここから種だけを選ばなければならない。

簡単なのは、検索欄の Advanced をクリックし、Builder という項目で

• Subtree に Taxon ID を記入し、
• かつ Rank に "Species" と記入して

検索する方法だ。これは、以下のようなキーワードで検索するのと同じことになる。AND を小文字にすると違う検索になるので注意。

この記事を書いた時点では、検索される種数は7,192 種であり、これが PubMed Taxonomy に登録されている哺乳類の種数ということになる。

コメント欄

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アップデート前、このページには以下のようなコメントを頂いていました。ありがとうございました。

References

1. Federhen 2012a. The NCBI taxonomy database. Nucleic Acid Res 40 (Database issue), D136-D143.