1. 概要: Channel catfish とは
2. Channel catfish のゲノム解析

概要: Channel catfish とは

PubMed taxonomy (2017/8)

cellular organisms; Eukaryota; Opisthokonta; Metazoa; Eumetazoa; Bilateria; Deuterostomia; Chordata; Craniata; Vertebrata; Gnathostomata; Teleostomi; Euteleostomi; Actinopterygii; Actinopteri; Neopterygii; Teleostei; Osteoglossocephalai; Clupeocephala; Otomorpha; Ostariophysi; Otophysi; Characiphysae; Siluriformes; Siluroidei; Ictaluridae; Ictalurus

アメリカナマズは写真 (2) のようなナマズ目 Siluriformes に属する魚である。ナマズ目には約 4,100 種の魚が含まれ、これは全ての魚の約 12%、脊椎動物の約 6.3% に該当する。

養殖魚として重要であり、アメリカでは養殖魚生産の約 60% を占める (1I)。進化の過程でウロコを失ったと考えられており、ウロコの形成に関係すると思われる遺伝子が 2016 年の本種のゲノム解析から同定されている (1R)。

Channel catfish のゲノム解析

> アメリカナマズのゲノムを解読した論文 (1)。

• この種だけでなく、ウロコのあるナマズのゲノムも同時に読んでいる。フグ、ゼブラフィッシュなどとの比較ゲノム解析から、ウロコの形成に重要であると思われる SCCP 遺伝子を同定している。
• ゲノム解析から、生物学的に意味のある結論を導く好例として、やや詳しくまとめる。
• 26,661 protein-coding genes。そのうち 98.95% はトランスクリプトームで発現が確認された。29 個の 染色体。
• 150 個体の SNP 解析から population history を予測できるらしい (図 2)。氷河期に何度か ボトルネック を経験していると考察。
• ゼブラフィッシュやフグよりも、最近になって重複した遺伝子が多かった。ちなみに硬骨魚の祖先はゲノム重複を経験しており、これを teleost-specific genome duplication (TSGD) という。
• 変異するとウロコがなくなる遺伝子は、他の魚の研究からいくつか同定されているようだ。
• ウロコのある魚とウロコのないナマズで種間トランスクリプトーム比較。Secretory calcium-binding phosphoproteins (SCCPs) という遺伝子が候補にあがった。
• さらに多くの魚でウロコの有無との相関をチェックし、SCCP1 と SCCP5 に絞った。これら遺伝子の機能解析はしていない。
• ナマズ目で初めてのゲノム解読、かつウロコと SCCP の関係を示した初めての論文。

Liu 2016a より。上のバーの青い部分が氷河期。個体数が何度か減っており、最近になって安定していることがわかる。

References

1. Liu et al. 2016a. The channel catfish genome sequence provides insights into the evolution of scale formation in teleosts. Nat Commun 7, 11757.
2. By Ryan Somma - http://www.flickr.com/photos/ideonexus/3634418206/, CC 表示-継承 2.0, Link

Liu et al. (2016a) is an open-access article distributed under the terms of the Creative Commons Attribution License, which permits unrestricted use, distribution, and reproduction in any medium, provided the original author and source are credited. Also see 学術雑誌の著作権に対する姿勢.

コメント欄

サーバー移転のため、コメント欄は一時閉鎖中です。サイドバーから「管理人への質問」へどうぞ。