RNAマイクロアレイ: 原理、MA プロットなど

UBC/experiments/rna/microarray

このページの最終更新日: 2020/10/22

  1. 概要: マイクロアレイとは
  2. MA プロット

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概要: マイクロアレイとは

マイクロアレイ microarray とは、小さなチップ上で多くの (数百、数千以上) の対象物を一度に分析する方法の総称である。一般には、mRNA を定量する DNA マイクロアレイを意味することが多い。抗体を使ったタンパク質マイクロアレイもよく使われている。

図 (Public domain) は、一般的な 2 色蛍光マイクロアレイの概念図である。詳細は更新予定。


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MA プロット

MA プロットとは、マイクロアレイの結果を示す方法の一つである (1)。図は 文献 2 から。

横軸は A (average) であり、log2 変換したシグナルの平均値を示す。つまり、左に行くほど mRNA 量が少ない遺伝子ということになる。

縦軸は M で、log2 変換したシグナルの差を示す。絶対値が大きくなるほど、差が大きいということになる。

赤は mRNA 量が有意に増大した遺伝子、青は mRNA 量が有意に減少した遺伝子である。MA プロットは、一般には左向き矢印のような形になる。これはつまり、発現量が少ない遺伝子ほど up- または down-regulation の程度が大きいということであり、リーズナブルと言えよう。




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References

  1. MA プロット. 株式会社セルイノベーター. Link: Last access 2020/10/20.
  2. Xu et al., 2018a. Transcriptome analysis of pecan seeds at different developing stages and identification of key genes involved in lipid metabolism. PLoS ONE 13, e0195913.

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