aroG

シキミ酸経路 の最初の反応で PEP と E4P から DAHP を合成。Phe にフィードバック阻害を受ける。大腸菌には他に 2 つ DAHP synthaseがあり、それらは Tyr と Trp 感受性である。

atoE

Putative SCFA transporter. 短鎖脂肪酸を細胞内に取り込む機能があると考えられる。

cspA

コールドショック遺伝子。Takara pCold ベクターに応用されている。

fabA, B, F, H, I

いずれも脂肪酸合成に関わる。fabB, fabF には cerulenin という阻害剤がある。ノックアウトや発現抑制は、一般に大腸菌の生育に悪影響。

fadR

脂肪酸分解を負に制御する。

galK

ガラクトースの代謝に関わるガラクトキナーゼ。galK^- の大腸菌はラクトースを唯一の炭素源とする環境下で増殖できる。

leuB

β-イソプロピルリンゴ酸デヒドロゲナーゼ。変異株は、増殖にロイシン Leu を必要とする。

matB, matC

Malonyl-CoA synthase, malonate carrier protein. マロン酸代謝に関わる。

ompA, ompC, ompF, ompR

外膜中に存在するタンパク質。発現量が非常に高く、それぞれが ribosomal protein の 10 倍近く、10 万分子/cell のオーダーで存在している。

ompC, ompF はどちらも三量体を形成し、中央の孔から分子量 700 以下の疎水性物質を透過させる。ompR は C, F の転写調節を行う。

ompT

BL21 (DE3) で欠損している。外膜に存在するアスパラギン酸プロテアーゼ。

ppsA

ホスホエノールピルビン酸シンターゼ。ATP を用いてピルビン酸をリン酸化する。

recA

真核生物 Rad51 と相同な DNA 修復酵素。相同組み換えを起こすため、多くのコンピテントセルで欠損させている。

recBCD

酵素複合体 RecBCD をコードする 3 つの遺伝子。B と D はヘリカーゼ、C は組み換えの起点となる Chi（crossover hotspot instigator）配列を認識する。

thi-1

変異株は、培地にチアミンを要求する。

tktA

Thiamine pyrophosphate を用いて、2 つの C をもつ ketol group を転移する。

tyrA, tyrR

チロシンの生産。tyrR はインヒビター。tyrA はフィードバック阻害を受ける。tktA-ppsA-FRT

xyl-1

キシロース代謝。