1. 概要: 16S rRNA とは
2. 16S rRNA を用いたマイクロバイオーム解析

概要: 16S rRNA とは

16S rRNA を用いたマイクロバイオーム解析

マイクロバイオーム解析は、多くの場合ユニバーサルプライマーで増幅した 16S rDNA を NGS で読むという解析のことをいう。

バクテリア の 16S rRNA 領域では、図 (文献 4) のように保存された領域と、変異を多く含む領域 (hypervariable region, V) が交互に存在している。保存領域に プライマー を設計できるので、これは非常に都合が良い。

9 つの hypervariable regions があるので、V1-V9 と名付けられており (2)、V4 および V5 を使って種を判別するのが正確とされている。

PCR には、次のようなプライマーがよく使われる。

指摘されている問題点として、この方法で同定されたバクテリアは transient か resident かわからず、また生死も定かでないので、生物学的意義と直結しないという点がある。論文によっては、proteomics と 16S rRNA の分析を組み合わせ、前者を active microbiota、後者を total microbiota としているものもある (例: Deusch et al., AIDS 32, 1229-1237, 2018)。

References

1. Amazon link: ストライヤー生化学: 使っているのは英語の 6 版ですが、日本語の 7 版を紹介しています。参考書のページ にレビューがあります。
2. Yang et al. 2018a. The significance of the diversity and composition of the cecal microbiota of the Tibetan swine. Ann Microbiol 68, 185-194.
3. 16S rRNA and 16S rRNA gene. EZBiocloud. Link: Last access 2020/9/9.
4. Shahi et al., 2017a. Gut microbiome in multiple sclerosis: The players involved and the roles they play. Gut Microbes 8, 607-615.

Shahi et al. (2017a) is an open-access article distributed under the terms of the Creative Commons Attribution License, which permits unrestricted use, distribution, and reproduction in any medium, provided the original author and source are credited. Also see 学術雑誌の著作権に対する姿勢.

コメント欄

サーバー移転のため、コメント欄は一時閉鎖中です。サイドバーから「管理人への質問」へどうぞ。