16S rRNA: 系統解析によく使われるリボソームの構成因子

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このページの最終更新日: 2020/09/12

  1. 概要: 16S rRNA とは
  2. 16S rRNA を用いたマイクロバイオーム解析

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概要: 16S rRNA とは

図は文献 4 より。


16S rRNA を用いたマイクロバイオーム解析

マイクロバイオーム解析は、多くの場合ユニバーサルプライマーで増幅した 16S rDNA を NGS で読むという解析のことをいう。

バクテリアの 16S rRNA には 9 つの hypervariable regions がある (V1-V9; Ref 2)。V4 および V5 を使って種を判別するのが正確とされている。

指摘されている問題点として、この方法で同定されたバクテリアは transient か resident かわからず、また生死も定かでないので、生物学的意義と直結しないという点がある。論文によっては、proteomics と 16S rRNA の分析を組み合わせ、前者を active microbiota、後者を total microbiota としているものもある (例: Deusch et al., AIDS 32, 1229-1237, 2018)。


> ヒト皮膚のマイクロバイオームは、よく研究されている分野である。

  • 方法論に関する Review
  • Ma et al. Sensitive な頭皮の人とそうでない人を n = 30 ぐらいで集めて、皮膚の性状、皮脂、細菌叢などを比較。細菌叢は次世代シーケンスで調べている。
  • Young vs. Old Western European Women で、皮膚の細菌叢を比較した論文。Rouaud-Tinguely et al., 2018.

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References

  1. Amazon link: ストライヤー生化学: 使っているのは英語の 6 版ですが、日本語の 7 版を紹介しています。参考書のページ にレビューがあります。
  2. Yang et al. 2018a. The significance of the diversity and composition of the cecal microbiota of the Tibetan swine. Ann Microbiol 68, 185-194.
  3. 16S rRNA and 16S rRNA gene. EZBiocloud. Link: Last access 2020/9/9.
  4. Shahi et al., 2017a. Gut microbiome in multiple sclerosis: The players involved and the roles they play. Gut Microbes 8, 607-615.

Shahi et al. (2017a) is an open-access article distributed under the terms of the Creative Commons Attribution License, which permits unrestricted use, distribution, and reproduction in any medium, provided the original author and source are credited. Also see 学術雑誌の著作権に対する姿勢.


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