1. 概要: COI とは
2. COI を用いた DNA barcoding
3. DNA barcoding の実際

概要: COI 遺伝子とは

COI を用いたDNA バーコーディング

DNA バーコーディングとは、特定の短い配列を用いて生物を同定する手法である (1)。生物種の同定を容易に行うための方法として、近年注目を集めている。DNA barcoding は以下のような特徴をもっている。

• 専門家によって種同定された標本があり、その塩基配列とマッチするかどうかで種同定を行う。
• 動物では ミトコンドリア DNA の COI 遺伝子が使われる。
• ユニバーサルプライマーが充実している。

DNA barcoding の実際

DNA barcoding というキーワードで検索すると、おそらく Barcode of Life のページに辿りつくだろう。問題は、ここで 検索ウィンドウが見つけにくい ことである。私は結局見つけることができなかった。

手元に配列があり、とりあえず種同定をしたいならば BOLD system のページから Identification を選ぶと、BLAST のように配列をペーストできるページに行けるので、こちらを使う。

上のように FASTA 形式で配列を貼り付け submit すると、配列がマッチする種を教えてくれる。データベースでは、塩基配列がバーコードのような形でも表されている。

コメント欄

サーバー移転のため、コメント欄は一時閉鎖中です。サイドバーから「管理人への質問」へどうぞ。

References

1. 神保ら 2008a. DNA バーコーディングによる同定支援システムと JBOLI 構想. 日本生態学会誌 58, 123-130.