シトクロームオキシダーゼ I (COI)

protein_gene/c/cytochrome_oxidase_i
5-5-2017 updated

  1. 概要: COI とは
  2. COI を用いた DNA barcoding
  3. DNA barcoding の実際

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概要: COI 遺伝子とは


COI を用いたDNA バーコーディング

DNA バーコーディングとは、特定の短い配列を用いて生物を同定する手法である (1)。生物種の同定を容易に行うための方法として、近年注目を集めている。DNA barcoding は以下のような特徴をもっている。

  • 専門家によって種同定された標本があり、その塩基配列とマッチするかどうかで種同定を行う。
  • 動物では ミトコンドリア DNA の COI 遺伝子が使われる。
  • ユニバーサルプライマーが充実している。

DNA barcoding の実際

DNA barcoding というキーワードで検索すると、おそらく Barcode of Life のページに辿りつくだろう。問題は、ここで 検索ウィンドウが見つけにくい ことである。私は結局見つけることができなかった。

手元に配列があり、とりあえず種同定をしたいならば BOLD system のページから Identification を選ぶと、BLAST のように配列をペーストできるページに行けるので、こちらを使う。



上のように FASTA 形式で配列を貼り付け submit すると、配列がマッチする種を教えてくれる。データベースでは、塩基配列がバーコードのような形でも表されている。



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References

  1. 神保ら 2008a. DNA バーコーディングによる同定支援システムと JBOLI 構想. 日本生態学会誌 58, 123-130.