RNA の品質評価:
電気泳動、分解度、RIN 番号など

experiments/rna/rna_electrophoresis
2018/10/18 更新


  1. 概要: RNA の品質評価
  2. RNA integrity と RIN 値
  3. RNA の品質が低いと何が起こるのか

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概要: RNA の品質評価

RNA は分解しやすいため、NGS、リアルタイム PCR、マイクロアレイなどの定量実験を行う際には、分解の程度をきちんと評価しておく必要がある。

かつては変性アガロースゲルを用いた電気泳動で rRNA のバンドを確認するのが常套手段であり、28S rRNA と 18S rRNA の量比が RNA の品質評価に使われていた。しかし、ゲル写真の定量性の問題があり、実際にこの量比が RNA 全体の分解度をあまり反映しないことなどが報告され、これに代わる指標が必要になった。


RNA integrity と RIN 値

現在は RNA integrity number (RIN) という指標が広く用いられている (2)。アジレントの 2100 バイオアナライザーがよく使われる。

RIN 値は、RNA をキャピラリー電気泳動に供し、各種 RNA の相対量から特定のアルゴリズムを用いて計算される値である。10 点満点の数値で示され、10 がもっとも高品質 (分解されていない) RMA とされる。

図 (ref. 1) は、典型的な RNA のキャピラリー電気泳動パターンを示したものである。



一般に、


RNA の品質が低いと何が起こるのか

更新予定。


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References

  1. By Fcwalker - Own work, CC BY-SA 4.0, Link
  2. Imbeaud et al. 2005a. Towards standardization of RNA quality assessment using user-independent classifiers of microcapillary electrophoresis traces. Nucleic Acids Res. 30; e56.